
Yumi Ikoma dan Ryou Masaoka adalah anak-anak yang dipilih untuk mengambil bagian dalam misi rahasia, untuk menjadi pilot unit tempur Fafner pertama; kesempatan terakhir untuk bertahan hidup bagi umat manusia. Musuh itu kejam, tidak kenal belas kasihan, dan mampu membaca pikiran manusia. Oleh karena itu, detail misi ini dirahasiakan bahkan dari personel yang terlibat. Para pilot muda harus menggunakan seluruh keberanian dan keyakinan mereka untuk bertahan hidup dan menyelesaikan misi mereka atau nasib umat manusia akan terancam. (Sumber: Jaringan Berita Anime)