
Setelah dampak kedua, yang tersisa di Jepang hanyalah Tokyo-3, sebuah kota yang diserang oleh makhluk raksasa yang berusaha memusnahkan umat manusia, yang disebut Malaikat. Setelah tidak bertemu ayahnya selama lebih dari delapan tahun, Shinji Ikari menerima panggilan telepon di mana dia diberitahu untuk segera datang ke Markas Besar NERV, sebuah organisasi yang menangani penghancuran para Malaikat melalui penggunaan mekanisme raksasa yang disebut Evas. Tujuan Shinji adalah mengemudikan Eva Unit 01 sambil bekerja sama dengan pilot Eva Unit 00, Ayanami Rei. Catatan: Tersedia dalam beberapa versi, yang ditandai dengan nomor versi: • 1.0: 1 Sep 2007 - Rilisan teatrikal asli • 1.01: 25 Apr 2008 - Rilis DVD berisi sedikit penyesuaian dan penyetelan halus pada gambar, pengeditan, dan kualitas suara. • Penjelasan Evangelion 1.01 - Disertakan dengan DVD edisi khusus rilis 1.01, dilapis teks besar untuk memberikan "sebutan resmi" orang, lokasi, senjata, teknologi, dan sebagainya. • 1.11: 27 Mei 2009 - Blu-ray/DVD dirilis ulang dengan animasi baru berdurasi 3 menit ditambahkan ke 15 menit pertama dan memperbaiki masalah video yang ada di rilis sebelumnya.