
Pada tahun 2012 Jepang diinvasi oleh Mu. Makhluk mirip manusia dari dimensi lain dengan darah biru. Pada tahun 2015 Tokyo diserang oleh penjajah, yang berhasil dipukul mundur dengan senjata humanoid yang disebut Dolem. Selama kekacauan, Ayato Kamina bertemu Reika Mishima, teman sekelasnya. Pada hari yang sama, dia diserang oleh pejabat pemerintah tetapi seorang wanita bernama Haruka datang menyelamatkannya, memberitahunya bahwa dia dikirim untuk menjemputnya oleh Organisasi TERRA, dan bahwa Tokyo telah disegel dalam celah waktu di mana waktu mengalir sepertiga lebih cepat dari dunia luar. Dia melarikan diri dari Haruka ke kereta di mana dia melihat Reika sekali lagi. Sesampainya di Kamar Rah, dia mengikutinya ke telur yang sangat besar tempat Dolem RahXephon menetas, dan saat dia bernyanyi, ibunya muncul di atas Dolem yang telah menghentikan Invasi TERRA. Dalam pertempuran tersebut ibu Ayato terluka, dan Ayato melarikan diri dari Tokyo Jupiter bersama Haruka setelah melihat darah biru ibunya.