
Setelah kematian ibunya di tangan robot jahat Count Mecha, Tetsuro muda telah menjadi anak nakal jalanan yang hanya memimpikan balas dendam. Tetsuro hidup di dunia yang jauh di masa depan di mana manusia memiliki pilihan untuk melakukan perjalanan ke planet lain di mana mereka dapat menukar tubuh mereka dengan robot yang abadi. Tujuannya adalah suatu hari nanti memperoleh (melalui pencurian) cukup uang untuk menaiki Galaxy Express 999, sebuah kereta yang mampu melakukan perjalanan melalui ruang angkasa, dan yang akan membawanya ke planet robot. Suatu hari, setelah melarikan diri dari polisi, dia bertemu dengan Maetel cantik yang mirip ibunya. Dia menawarkan untuk membawanya ke Galaxy Express 999 untuk mendapatkan tubuh robot dan membalas dendam pada Count Mecha. Sepanjang perjalanan, keduanya bertemu dengan banyak orang (termasuk Kapten Harlock dan Ratu Emeraldas), dan Tetsuro belajar apa artinya menjadi manusia. (Sumber: Jaringan Berita Anime)